温祥卿足智多谋,因躲避战乱前来归附,耿炳文把他请入幕府,制订实施防御计划十分周密。张士诚的左丞潘元明、元帅严再兴率兵进犯长安州。耿炳文奋力反击,大败敌军。此后,张士诚再次派司徒李伯升率兵十万,分水陆向长安州杀来。当时城内只有守兵七千人,明太祖十分着急,连忙命令陈德、华高、费聚前来增援。谁知李伯升黑夜偷袭援军营寨,几位大将溃散。耿炳文固守城池,敌方攻击十分猛烈,耿炳文采用不同的方式加以防御。
战争持续一个多月,在此期间,耿炳文一直不敢懈怠。
常遇春再次率兵增援,李伯升弃营逃跑,耿炳文乘胜追击,追杀李伯升军队五千余人。第二年,明太祖改永兴翼元帅府为永兴卫亲军指挥使司,任命耿炳文为永兴卫亲军指挥使。不久,张士诚出动大军,并派他的弟弟张士信来争夺永兴。耿炳文打败张士信,并俘虏敌军元帅宋兴祖。张士信大怒,大军围城。耿炳文和费聚迎战,又大败敌军。长兴是张士诚的必争之地,耿炳文在此坚守大概有十年之久,他以寡敌众,大小十几次战争,战无不胜,使得张士诚的目的不能得逞。大军征讨张士诚,耿炳文所部攻克湖州,围困平江。平定吴地后,耿炳文升任为大都督府佥事。